Die Atemwege, die Lunge und damit der gesamte Organismus müssen beim Atmen auch gegen verschiedene schädliche Stoffe, Aerosole, Feinstaub und Rauch geschützt werden. Partikel können krebserregend oder radioaktiv sein, andere schädigen das Atmungssystem des Körpers über Jahrzehnte hinweg und führen zur langfristigen Entwicklung schwerer Erkrankungen. Schädlich sind auch Organismen, die über die Atemwege in den Körper gelangen.